Le guide complet sur la comptabilité en e-commerce

Comptabilité d’un e-commerce: pourquoi est-ce si important ?

Pour commencer, il est important de comprendre pourquoi la comptabilité occupe une place si importante dans l’activité d’un e-commerce.

L’activité de vente en ligne est une activité commerciale comme une autre. Du coup, que vous vendiez quelques produits ou que votre boutique génère déjà un volume important, les règles comptables restent les mêmes : votre entreprise doit assurer un suivi clair et conforme de ses opérations.

Vous devez donc tenir une comptabilité et remplir une liasse fiscale complète. La seule exception à cette gestion comptable e-commerce, c'est que si vous faites le choix d’une forme juridique type micro-entreprise, vous bénéficiez d’obligations allégées selon l’article L123-12 du Code de Commerce.

Dans les autres cas (entreprise individuelle, société par actions simplifiée unipersonnelle, entreprise unipersonnelle à responsabilité limitée…) vous devez fournir :

• un bilan ;
• un compte de résultat ;
• le calcul de votre résultat fiscal ;
• et d'autres documents annexes.

Pour préparer un compte de résultat fiable, vous devez tenir votre comptabilité au quotidien. Concrètement, cela consiste à enregistrer vos opérations dans l’ordre, suivre vos encaissements et décaissements, et constater vos créances et dettes à la clôture si vous relevez du régime simplifié.

Ce n’est qu’à partir de là que vous pourrez établir un bilan annuel, qui reprend l’ensemble des biens que possède l’entreprise (ses immobilisations, ses créances…), et les dettes dont elle est redevable (associés, organismes sociaux, fournisseurs…)

Le problème, c’est que cette gestion devient rapidement chronophage. Dès que votre e-commerce prend de l’ampleur et que des centaines d’opérations s’accumulent chaque mois, maintenir une comptabilité à jour peut vite devenir compliqué. Et peu de cabinets comptables traditionnels disposent d’outils adaptés aux volumes et aux particularités des e-commerçants.

Heureusement, il existe aujourd'hui des solutions d’expertise-comptable en ligne pour vous faciliter la tâche !

Comment faciliter la gestion comptable d’une activité de e-commerce ?

Compte tenu des volumes traités, la gestion administrative en e-commerce peut vite s’avérer chronophage et complexe. Il est donc important de vous doter des bons outils dès le début.

• Sur une marketplace : vous avez accès à des rapports détaillés (ventes par pays, TVA, commissions…) qui facilitent le suivi et l’intégration comptable.
• Sur votre site : assurez-vous que votre solution e-commerce peut générer des exports fiables et complets (ventes, TVA, remboursements…).

Ces rapports sont essentiels pour établir une comptabilité juste, surtout lorsqu’il y a plusieurs pays, plusieurs taux de TVA ou plusieurs moyens de paiement.

En résumé, pour gérer efficacement la comptabilité de votre e-commerce, vous avez besoin :

• d’un logiciel adapté à votre activité et à vos volumes,
• d’une facturation automatisée et centralisée,
• de rapports clairs issus de vos marketplaces et de votre site,
• et d’une organisation régulière pour éviter l’effet “bouchon” en fin de mois.

Avec ces bases, la suite de votre gestion comptable (TVA, bilan, pilotage) devient beaucoup plus simple à mettre en place.

Quelle banque choisir pour son activité e-commerce ?

À ce stade, vous avez déjà beaucoup d’éléments pour structurer votre gestion comptable. Mais un autre choix important peut aussi faire la différence au quotidien : celui de votre banque professionnelle. En e-commerce, où tout va vite, opter pour une solution simple, rapide et dématérialisée peut vous faire gagner un temps précieux.

Vous pouvez bien sûr vous tourner vers une banque traditionnelle ou vers une banque en ligne. Evidemment, notre préférence va à la 2de catégorie. Notamment, en raison de coûts réduits et de la gestion totalement dématérialisée qui permet de gagner du temps.

Voici quelques options adaptées aux e-commerçants :

• Qonto : spécialisée dans les TPE-PME, start-ups et freelances, Qonto permet de gérer tous vos comptes pros et les centraliser, mais aussi d'automatiser la collecte de vos justificatifs
• Shine : c’est la banque en ligne avec cartes physiques et virtuelles qui assure une facturation rapide avec un terminal de paiement intégré à l’application mais propose aussi le dépôt d’espèces pour s’adapter à votre business
• Propulse : c’est la solution du Crédit Agricole pour faciliter la vie aux jeunes entrepreneurs avec un accompagnement à la création d’entreprise et des outils de gestion pour suivre vos entrées et sorties d’argent

Choisir un outil/logiciel de comptabilité et de facturation pour sa gestion comptable e-commerce : quels critères ?

Maintenant que vous avez une vision plus claire de votre organisation comptable, il reste une question essentielle : quel outil choisir pour vous simplifier la vie ? En e-commerce, un bon logiciel peut vraiment faire la différence, surtout lorsque les ventes s’accélèrent et que les données affluent de partout.

De nombreux outils et logiciels de comptabilité existent sur le marché et proposent différents services et différentes fonctionnalités. Mais comment être sûr d’être bien accompagné avec une solution en gestion comptable e-commerce ? C'est très simple, il faut trouver celui qui correspondra vraiment à votre activité e-commerce.

En e-commerce, que ce soit en dropshipping ou en print-on-demand, il y a des spécificités à connaître : pas question de sauter sur le premier logiciel venu !

Voici quelques fonctionnalités que vous devez absolument avoir si vous souhaitez faciliter la gestion comptable de votre e-commerce.

La gestion des plateformes et publicités en ligne

Qui dit e-commerce dit publicité en ligne et éventuellement être présent sur certaines marketplaces comme Amazon pour booster vos ventes. Ces dépenses doivent être enregistrées dans votre comptabilité et les logiciels de comptabilité peuvent grandement vous faciliter la tâche !

D’autre part, pouvoir suivre la rentabilité de chacune d’elles est indispensable pour prendre les bonnes décisions en étant informé en temps réel. Dougs calcule votre marge globale afin de vous permettre d’ajuster votre stratégie en fonction de vos résultats.

Les écritures comptables

Avoir un outil qui se synchronise directement avec votre compte bancaire ou vos solutions d’encaissement ainsi qu’avec les principales plateformes de vente e-commerce du marché vous évite toute saisie. Les opérations réalisées sont directement imputées sur le bon compte en comptabilité et la TVA est prise en compte automatiquement.

Il est essentiel ici de choisir un outil qui facilite la déclaration de votre chiffre d’affaires mensuel. Fuyez les solutions qui vous contraignent à l’enregistrement unitaire de chaque facture de vente. Vous risquez rapidement d’y consacrer vos nuits (vous avez sûrement mieux à faire !).

L’expérience utilisateur

Bien sûr, vous devez veiller à ce que l’outil de comptabilité choisi pour la gestion comptable de votre e-commerce soit multicanal, sous forme d’application mobile et utilisable de partout et quand vous le souhaitez. Il doit aussi être simple à prendre en main, ergonomique et agréable à utiliser.

Les particularités de la gestion comptable en e-commerce

Pensez aussi à toutes les particularités dont vous pourriez avoir besoin pour votre activité. L’une des difficultés à laquelle vous pouvez être confronté en tant qu'e-commerçant est la détermination des conditions d’imposition à la TVA, par exemple :

• Devez-vous appliquer les taux de TVA française ?
• Devez-vous reverser la TVA collectée dans votre pays ou dans celui du destinataire ?
• Pouvez-vous utiliser le guichet unique ou faut-il vous immatriculer dans les pays concernés ?

Autant de questions auxquelles vous devez trouver des réponses dès lors que vous vendez à des clients particuliers hors de France. Sans un partenaire aguerri à vos côtés, les choses peuvent devenir très compliquées !

En bref, pour gérer votre e-commerce efficacement, choisissez un outil qui :

• se synchronise avec vos banques et plateformes ;
• automatise vos écritures ;
• simplifie la facturation ;
• s’adapte aux règles de TVA ;
• et reste simple d’utilisation.

Et si vous voulez aller plus loin, il existe mieux qu’un logiciel de compta : une plateforme qui offre tous ces avantages mais aussi un lien direct avec votre expert-comptable. C’est la solution Dougs : une application de comptabilité, et un conseil d’expert avec une équipe de comptables spécialisés en e-commerce, fiscalistes, juristes qui sauront vous renseigner sur tous les aspects de votre compta d’entreprise.

Obligations sociales et juridiques liées à l'embauche en e-commerce

Avant de penser aux ventes, aux factures et à la TVA, il y a un autre sujet important dès que votre activité se développe : la gestion sociale.

Dès que vous souhaitez accueillir quelqu’un dans votre équipe, même pour un poste ponctuel, certaines formalités deviennent incontournables.

Je vous guide ici à travers les étapes essentielles pour embaucher sereinement.

La déclaration préalable à l’embauche (DPAE)

Pour commencer, toute embauche doit faire l’objet d’une déclaration préalable à l'embauche (DPAE), à déposer sur le portail Net-entreprises.

Vous devez réaliser cette déclaration au plus tôt, et au maximum dans les 8 jours qui précèdent l’arrivée du salarié.

Pourquoi est-ce si important ? Parce qu’un oubli peut avoir de lourdes conséquences :

• une sanction administrative de 1 226 € par salarié non déclaré,
• une amende pouvant aller jusqu’à 45 000 € (225 000 € pour une société),
• la régularisation de toutes les cotisations sociales impayées,
• et surtout, une qualification de travail dissimulé.

Enfin, si vous recrutez un salarié étranger, vous devez vérifier que son titre de séjour l’autorise à travailler en France.

La signature du contrat de travail

Ensuite, vous devez remettre un contrat de travail écrit au salarié dans les 48 heures précédant sa prise de poste. Le contrat précise toutes les règles de la relation de travail :

• dates de début (et de fin pour un CDD) ;
• motif du CDD le cas échéant ;
• horaires et durée du travail ;
• rémunération ;
• missions confiées ;
• période d’essai ;
• risques professionnels et consignes de sécurité ;
• avantages sociaux éventuels (mutuelle, prévoyance, avantages en nature, épargne salariale…).

Même si la loi n’oblige pas à rédiger un contrat pour un CDI à temps plein, je vous recommande de toujours en établir un pour éviter les litiges.

Les formalités complémentaires à ne pas oublier

Enfin, une fois le contrat signé, quelques obligations supplémentaires s’appliquent encore. Vous devez notamment :

• inscrire le salarié dans le registre unique du personnel ;
• l’affilier aux Caisses de retraite complémentaire (Agirc-Arrco) via la DSN ;
• organiser sa visite médicale d’information et de prévention auprès de la médecine du travail.

Ces démarches assurent le bon démarrage de la relation de travail et montrent que votre activité est structurée, même si vous êtes e-commerçant.

En clair, pour embaucher sereinement, vous devez :

• déclarer l’embauche avant l’arrivée du salarié ;
• remettre un contrat de travail clair ;
• et accomplir les démarches sociales obligatoires.

En respectant ces étapes, vous protégez votre entreprise et vous offrez un cadre légal solide à votre nouveau collaborateur.

Comment s'applique la TVA pour un site e-commerce ?

Après la gestion quotidienne et les outils, il reste un sujet incontournable pour tout e-commerçant : la TVA. C’est souvent l’un des points les plus complexes, car les règles changent selon le type de ventes, les pays concernés et certains seuils de chiffre d’affaires. Je vous aide ici à y voir plus clair.

La TVA applicable dépend de plusieurs éléments :

• le pays où se trouve votre client,
• votre chiffre d’affaires annuel réalisé dans l’Union européenne hors France,
• le lieu de stockage de vos marchandises,
• le fait que votre client soit un particulier ou un professionnel,
• les options fiscales que vous avez éventuellement exercées (comme l’OSS),
• et la nature de votre activité (dropshipping ou vente en propre).

Dans le cas le plus simple, si vous stockez uniquement en France et que vous vendez exclusivement à des clients français, vous appliquez simplement le taux de TVA français.

En revanche, si vous vendez à des particuliers dans d’autres pays de l’Union européenne, et que vos ventes dépassent 10 000 € de chiffre d’affaires annuel, vous devez appliquer la TVA du pays de destination.guichet unique OSS.

Pour aller plus loin, vous pouvez consulter cette vidéo explicative qui détaille le fonctionnement du mécanisme.

Bonnes pratiques pour une comptabilité e-commerce efficace

À ce stade, vous connaissez déjà les grandes obligations comptables liées à votre activité. Mais pour que votre gestion financière soit vraiment fluide au quotidien, il existe quelques bonnes pratiques simples à appliquer. Je vous partage ici les habitudes qui font vraiment la différence dans un e-commerce.

Numériser et centraliser toutes vos pièces comptables

Pour commencer, je vous conseille de tout numériser : factures fournisseurs, factures clients, justificatifs de paiement… Cela évite les pertes, les doublons et les retards. Une fois vos documents digitalisés, pensez à les centraliser au même endroit.

Pourquoi est-ce important ?

• vous gagnez du temps au moment de la saisie,
• votre expert-comptable accède plus facilement à vos documents,
• vous limitez les risques d’erreurs,
• vous fluidifiez toute la communication autour de votre comptabilité.

Automatiser les tâches répétitives

Ensuite, dès que possible, automatisez ! En e-commerce, beaucoup d’actions reviennent tous les jours : facturation, exportations de ventes, rapprochements… Pour éviter d’y passer vos soirées, les outils comptables peuvent prendre le relais.

Les avantages de l’automatisation :

• moins d’erreurs humaines,
• un vrai gain de temps,
• une vision plus claire de vos résultats,
• une gestion plus fluide, même en cas d’augmentation de volumes.

Assurer un suivi rigoureux des stocks

En e-commerce, les stocks représentent souvent une grande partie de votre trésorerie. Un mauvais suivi peut rapidement impacter vos marges ou créer des ruptures.

Je vous recommande donc :

• d’utiliser un outil de gestion des stocks adapté,
• de suivre vos quantités en temps réel,
• de vérifier régulièrement les écarts,
• d’analyser la rotation et les produits les plus rentables.

Une bonne gestion des stocks vous aide à :

• mieux anticiper vos achats,
• préserver votre trésorerie,
• améliorer votre taux de service client,
• optimiser votre marge.

Se tenir informé des évolutions légales et fiscales

Enfin, le cadre fiscal évolue vite, surtout en e-commerce : TVA intracommunautaire, seuils européens, OSS/IOSS… Pour éviter les mauvaises surprises, je vous recommande de suivre régulièrement les mises à jour.

Cela vous permet de :

• rester en conformité,
• optimiser votre gestion de la TVA,
• anticiper vos obligations,
• sécuriser votre activité.

En bref, pour une comptabilité fluide et efficace en e-commerce, adoptez quatre réflexes :

• numériser et centraliser vos documents,
• automatiser les tâches répétitives,
• suivre vos stocks de près,
• rester informé des évolutions légales et fiscales.

Ces bonnes pratiques vous feront gagner du temps et vous permettront de piloter votre activité avec plus de sérénité.

Comment gérer la comptabilité d'un site e-commerce ?

Après avoir vu pourquoi la comptabilité est essentielle pour votre activité, voyons maintenant comment la gérer concrètement au quotidien.

L’objectif est simple : savoir comment enregistrer vos opérations, quels outils utiliser et comment anticiper les spécificités propres à l’e-commerce.

Gérer sa comptabilité au quotidien

La comptabilité d’un site e-commerce repose sur les mêmes principes que la comptabilité d’une entreprise classique. Vous devez enregistrer chaque opération liée à votre activité (ventes, achats, frais, abonnements, remboursements, etc.). Pour faciliter ce travail, je vous conseille d’utiliser un logiciel de comptabilité adapté à l’e-commerce.

La principale difficulté, c’est le volume de transactions. Quelques ventes par jour se gèrent facilement… mais dès que vous êtes présent sur des plateformes comme Amazon, Cdiscount, ManoMano ou WeDressFair, les opérations se multiplient très vite. Cela alourdit votre administratif et augmente les risques d’erreurs.

Ajoutez à cela certaines spécificités techniques, notamment autour de la TVA en e-commerce, et vous comprenez pourquoi une organisation claire est indispensable.

Comment gérer la facturation d'un site e-commerce ?

Cela commence avec votre facturation client. La plupart des plateformes proposent généralement des services de facturation pour e-commerce.

Pour les ventes via votre propre site, attention aux solutions de back office proposées. Assurez-vous que la solution retenue vous permette :

• d’automatiser l’émission de vos factures ;
• d’en traiter de grands volumes ;
• et de conserver un historique clair et exportable.

Une facturation bien structurée simplifie ensuite la tenue comptable, les exportations de données et les déclarations fiscales.